Sesuai Peraturan Menteri Agama Nomor 9 Tahun 2022 tentang Perubahan Atas Peraturan Menteri Agama Nomor 14 Tahun 2020 tentang Statuta Universitas Islam Negeri Sumatera Utara Medan, UIN SU Medan memiliki logo dan makna sebagaimana tercantum di bawah ini
- Tulisan UIN sebagai Universitas Islam Negeri;
- Huruf I terdiri atas 5 (lima) garis melambangkan 5 (lima) sila Pancasila dan rukun Islam;
- Huruf UIN diawali dengan huruf U melambangkan keterbukaan Universitas terhadap informasi, sesuai maksud ayat alladzina yastami’una al qawla (QS. AzZumar / 39: 18), dan diakhiri dengan huruf N melambangkan informasi yang diperoleh diberi nilai keislaman yang konkret dan pasti;
- Di atas huruf I terdapat gambar lambang sains dan teknologi, melambangkan sains dan teknologi menjadi bagian inheren pengembangan keilmuan Universitas, dan lambang sains dan teknologi berwarna emas (kode gradasi #FFD700#) melambangkan kejayaan yang tetap dipertahankan;
- Huruf U diawali dari garis datar, melambangkan Universitas lahir melalui proses panjang yang diawali dengan Institut Agama Islam Negeri, sekaligus menggambarkan siklus perubahan yang berakar dari masa lalu;
- Huruf N diberi ujung garis melambangkan Universitas terus melakukan inovasi dan transformasi untuk kemajuan dan respon terhadap perubahan, sesuai spirit Islam shalihun likulli zamanin wa makanin;
Kode warna lambang UIN SU Medan sebagai berikut :
- warna hijau (kode gradasi #224813) melambangkan kedamaian;
- warna biru (kode gradasi #003333) melambangkan keteguhan iman dan kejernihan jiwa;
- warna kuning (kode gradasi #D19200) melambangkan kemuliaan dan kebesaran jiwa;
- dan warna hitam (kode gradasi #000000) melambangkan keteguhan pendirian, keadilan, dan amal kebajikan.