Struktur Organisasi UIN Sumatera Utara
1. Dewan Penyantun
2. Rektor dan Wakil Rektor (Unsur Pimpinan)
3. Senat Institut (Badan Normatif)
4. Satuan Pengawas Internal (Unsur Pengawasan)
5. Biro Administrasi Umum, Perencanaan dan Keuangan (Unsur Pelaksana Administratif)
6. Biro Administrasi Akademik Kemahasiswaan dan Kerjasama (Unsur Pelaksana Administratif)
7. Lembaga Penjaminan Mutu (Unsur Pelaksana Akademik)
8. Lembaga Penelitan dan Pengabdian Kepada Masyarakat (Unsur Pelaksana Akademik)
9. Senat Fakultas (Badan Normatif)
10. Pascasarjana (Unsur Pelaksana Akademik)
11. Fakultas Dakwah dan Komunikasi (Unsur Pelaksana Akademik)
12. Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan (Unsur Pelaksana Akademik)
13. Fakultas Syari’ah dan Hukum (Unsur Pelaksana Akademik)
14. Fakultas Ushuluddin dan Studi Islam (Unsur Pelaksana Akademik)
15. Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam (Unsur Pelaksana Akademik)
16. Fakultas Ilmu Sosial (Unsur Pelaksana Akademik)
17. Fakultas Kesehatan Masyarakat (Unsur Pelaksana Akademik)
18. Fakultas Sains dan Teknologi (Unsur Pelaksana Akademik)
19. Perpustakaan (Unsur Pelaksana Teknis)
20. Pusat Teknologi Informasi dan Pangkalan Data (Unsur Pelaksana Teknis)
21. Pusat Pengembangan Bahasa (Unsur Pelaksana Teknis)
22. Ma’had Aljami’ah (Unsur Pelaksana Teknis)
23. Pusat Pengembangan Bisnis (Unsur Pelaksana Teknis)
24. Pusat Layanan Internasional (Unsur Pelaksana Teknis)
Pimpinan UIN Sumatera Utara
Rektor : Prof. Dr. Nurhayati, M.Ag
Wakil Rektor I : Prof. Dr. H. Azhari Akmal Tarigan, M.Ag.
Wakil Rektor II : Dr. Abrar M. Dawud Faza, S.Fil., M.A.
Wakil Rektor III : Prof. Dr. Katimin, M.A.
Wakil Rektor IV : Prof. Dr. H. Muzakkir, M.Ag.
Kepala Biro AAKK : Dr. Tohar Bayoangin, M.Ag.
Kepala Biro AUPK : Drs. Ibnu Sa’dan, M.Pd.